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【邀请函】单细胞纳米孔长读长测序技术研讨会

2023-11-10

会议简介:

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单细胞多组学测序技术是指对一个单细胞同时检测多个组学层面 (例如基因组、表观基因组和转录组) 的测序技术。这类技术对单个细胞进行基因组和转录组异质性分析为许多研究领域提供了新见解。利用传统的短读长测序技术进行单细胞测定存在局限性:例如,在转录组研究中无法在异构体方面确定转录本丰度。纳米孔长读长测序能够解决这些挑战,可以在单条读长中对全长转录本和大基因组区域进行端到端的测序,并覆盖重复区域和结构变异。2019年,Nature Methods杂志将单细胞多组学技术评为年度技术。2022年,Nature Methods杂志将长读长测序技术评为年度技术。纳米孔长读长测序技术和单细胞技术的结合将为科学家研究解析单个细胞的行为、机制与机体的关系等提供了新方向。


12月1日-12月2日,我们将在浙江大学圆正·启真酒店举办单细胞纳米孔长读长测序技术研讨会。现场,我们将为大家带来最热门、最前沿的研究,除此之外,我们还邀请多位演讲嘉宾,与大家分享纳米孔长读长测序在单细胞领域的应用与展望,参会者将有机会与所有的演讲者们进行面对面交流,也可以近距离体验Oxford Nanopore测序技术。欢迎大家报名参加!


主办方

浙江大学农生环测试中心

承办方

杭州37000cm威尼斯技术有限公司

Oxford  Nanopore Technologies plc



会议日程:

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时间

内容

12月01日

09:00-09:30

会议签到

09:30-09:40

欢迎致辞

09:40-10:10

主题:从单细胞到空间单细胞全长转录组测序在癌症研究中的应用以及未来展望     

嘉宾田鲁亦 研究员 广州国家实验室

10:10- 10:40

主题:纳米孔与单细胞结合带来的机会与挑战     

嘉宾陈磊 研究员 上海交通大学医学院附属仁济医院

10:40-11:00

主题:基于Oxford Nanopore平台的单细胞全长转录组测序     

嘉宾严舒琪 领域应用技术专家 Oxford  Nanopore Technologies

11:00-11:20

茶歇

11:20-11:50

标题:单细胞全长转录组解析肿瘤细胞异质性      

嘉宾龚亮 研究员 浙江大学医学中心

11:50-12:10

标题:高通量测序技术的应用和挑战     

嘉宾毛伟华 正高级实验师 浙江大学分析测试中心

12:10-12:30

标题:MobiNova一站式、多组学、跨平台单细胞解决方案      

嘉宾王梦心 高级产品经理 墨卓生物

12:30-13:30

午餐

13:30-14:15

标题单细胞全长转录组技术测评      

嘉宾陈磊 研究员 上海交通大学医学院附属仁济医院

14:15-15:00

标题单细胞全长测序:cDNA水平的单细胞遗传变异研究     

嘉宾程小涛 总经理 及智医学 

15:00-15:45

标题:基于单细胞全长转录本的抗体、核酸药物研发策略       

嘉宾:梁辉 常务副所长 苏州思萃免疫技术研究所 

15:45-16:45

数据实操R语言相关软件包的安装与调试(Seurat、GSVA、Monocle、Shinny、SingleR等几十种),Seurat分析流程介绍,以及cell ranger解读。

16:45-17:45

数据实操:单细胞全长转录本数据特点介绍及分析难点解析

12月02日

09:00-16:30

数据实操:单细胞全长转录组原始数据特征(IGV演示

数据实操二代单细胞与三代全长转录本合并分析细节(拟时序组间差异、富集分析、转录本关联膜蛋白、分泌蛋白、转录因子等)

颁发结业证书




嘉宾介绍:

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田鲁亦


广州国家实验室研究员,国家重大人才项目入选者(青年),本科和博士分别毕业于浙江大学和墨尔本大学的WEHI,之后在美国Broad Institute从事研究工作,2022年11月加入广州国家实验室。课题组研究聚焦单细胞组学,空间组学以及纳米孔测序的新技术开发和相关算法研发,并使用这些新技术和新算法研究免疫学和呼吸疾病中的重要生物学问题。以第一或通讯作者在Nature Methods,Nature Immunology,Immunity(封面文章),Nature Genetics,Nature Biotechnology,Blood等在内的专业杂志发表高水平论文,他引超过1800次、H-index为17。


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陈磊


上海交通大学医学附属仁济医院,课题组长,博导。于美国Baylor College of Medicine获计算生物学博士学位。2017年获中组部“青年千人”计划支持并回国建立独立实验室。长期从事测序数据的分析挖掘及相关工具开发。目前课题组聚焦于肠道肿瘤免疫微环境,通过多组学数据挖掘,包括单细胞测序,空间转录组测序等,解析肠道免疫微生态中宿主免疫细胞及肠道菌群的互作。相关成果发表在Genome Research、Briefings in Bioinformatics等杂志上。


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严舒琪


本科毕业于武汉大学生命科学学院,研究生毕业于美国纽约州立大学石溪分校。她在基因组学领域有超过15年的工作经验,曾在中美多家国际知名企业担任研发科学家和产品经理。现在是Oxford Nanopore Technologies的现场应用专家。


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龚亮


浙江大学良渚实验室“百人计划”研究员,浙江大学医学院附属第一医院双聘研究员,博士生导师。主要聚焦第三代纳米孔测序,结合表观遗传学、三维基因组学等前沿基因组技术和生物信息学分析工具,研究癌症和遗传疾病的基因组变异、转录调控及基因功能。在Nature Methods、Nature Genetics、PNAS、Trends in Cancer等国际著名期刊上发表多篇论文,Google Scholar引用2900余次,主持国家自然科学基金面上项目,国家自然科学基金外国资深学者研究基金项目子课题负责人。担任Genome Research、Nucleic Acids Research、G3、STAR Protocols、iMeta等学术期刊专业评审。


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毛伟华


正高级实验师,主持并完成国家自然科学基金三项、省自然科学基金一项、省分析测试基金三项;获得浙江省科学技术奖三等奖一项。擅长多组学测序研究,目前致力于测序相关试剂盒的研发,获得2023 年省制造业高质量发展产业链协同创新项目及2023年度第一批 “领雁”研发攻关计划。



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王梦心


墨卓生物高级产品经理,2年病毒课题研究经验,参与2项国家自然基金项目与专利申请。4年分子生物学背景,熟练掌握NGS全流程实验操作,在IVD领域具有三年以上的推广经验,目前负责墨卓生物产品营销及学术推广工作。


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程小涛


参与多项国家“863”项目和国家自然基金项目,高通量行业12年工作经验,精通多种高通量组学技术与单细胞数据分析技巧,参与了近百个课题组的单细胞数据分析工作,协助发表单细胞相关文章数十篇,一直专注临床转化方向,带领团队开发出了国内首个基于10X、墨卓平台的单细胞二代+三代测序全长转录本靶点发现技术,将单细胞靶点发现从基因水平深入到了转录本水平,为单细胞产业发展拓展出了新的临床转化思路。


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梁辉

现任苏州思萃免疫技术研究所有限公司常务副所长。博士毕业于中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所,主要擅长抗体药物和细胞治疗方面的项目研发,具有近10年的学术经历和生物药物研发经验,曾在国际学术期刊上发表多篇相关高水平研究论文,已申请发明专利60多项。



报名须知:

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会议地点:圆正.启真酒店,杭州市西湖区余杭塘路866号(浙江大学紫金港校区内)。

报名方式:12月1日上午的报告免费报名参与,12月1日下午与12月2日全天的培训每人收费1299元,两人以上同行,每人999元。费用包含12月1日午餐晚餐茶歇和12月2日午餐茶歇。


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